Взносы банков в Фонд страхования вкладов — основной инструмент его наполнения. Для этого финансовые организации, которые входят в единую систему, осуществляют ежеквартальные отчисления. Из этих денег делаются выплаты всем физическим лицам, имеющим вклады или депозиты в обанкротившихся банках.
Начиная с 3 квартала 2015 года Агентство по страхованию вкладов рассчитывает размер отчислений по дифференцированной шкале. В среднем он составляет 0,1 % от остатка на депозитах вкладчиков. Повышенные ставки начисляются в зависимости от максимального размера процентов по вкладам. Учитываются также размеры проводимой Центробанком оценки финансового состояния конкретной организации.